iPhone（6S）で撮影した動画（.MOV）をPremiere Pro 5.5に取り込もうとしたら、表題のメッセージが出て取り込んでくれませんでした。
正直、iPhoneもPremiereもかなり古いバージョンなので、結構マイナーなケースだと思います・・・。少ないとは思いますけど！同じハマり方をしてる人がいるかもしれないので、解決策をメモしておきます！
AVIに変換したりといろいろ試しましたが、最終的にものすごくカンタンな方法で解決しました。ズバリ・・・、
拡張子を.MOVから.mp4に書き換える！( ゜Д ゜)
・・・以上です。
ただし、Premiereに取り込むと上下が反転して表示されるので、
エフェクトコントロール＞回転＞180
を設定して、もう一度上下を反転させる必要があります。